部分止咳藥水中含有鴉片類止咳成分，如可待因(codeine)，是藉由抑制延腦的咳嗽中樞，達到止咳作用，但也會影響腸胃道的蠕動，增加糞便停留在腸道的時間，過量或長期使用止咳藥水，可能產生便秘的副作用。

因此，食藥署提醒民眾，經醫師處方或藥師指示使用止咳藥水後，如果出現嚴重便秘或其他不適症狀，務必即時告知醫師或藥師，才能進行適當之處置。